Berdasarkan sejarah yang telah ada berdirinya SMP Negeri 13 Madiun, mula-mula merupakan suatu lembaga pendidikan setingkat Sekolah Lanjutan Tingkat Pertama yang bernaung di bawah kendali Bidang Kejuruan Kanwil Depdikbud Provinsi Jawa Timur yaitu bernama SKKP Negeri Madiun.
Dengan mendesaknya kebutuhan masyarakat untuk menampung para lulusan Sekolah Dasar maka SKKP Negeri Madiun berubah fungsi menjadi SMP Negeri 13 Madiun. SMP Negeri 13 Madiun menerima siswa baru pertama kali yaitu pada Juli 1992 atau tahun pelajaran 1992/1993. Sedangkan penyerahan alih fungsi dari SKKP Negeri Madiun menjadi SMP Negeri 13 Madiun yang diserahkan langsung oleh Bapak Kakanwil Depdikbud Provinsi Jawa Timur tepat pada tanggal 29- 8-1992, yang selanjutnya menjadi peringatan Hari Jadi SMP Negeri 13 Madiun, meskipun pemberian surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan tentang alih fungsi Sekolah Kejuruan menjadi Sekolah Umum yaitu tertera pada SK No. 0259/0/1994 tertanggal 5-10-1994. Jadi mulai berdirinya SMP Negeri 13 Madiun sejak tahun 1992 sampai sekarang sudah berusia 31 tahun.
Selama kurun waktu selama 31 tahun SMP Negeri 13 Madiun
telah mengalami pergantian beberapa Kepala Sekolah diantaranya :
Mengikuti perkembangan SMP Negeri 13 Madiun semakin lama semakin meningkat yang cukup signifikan karena terletak sangat strategis yaitu berada di tengah kota dan berdampingan dengan dua sekolah favorit yang berada di Jl. Sumatra 13 Madiun, sehingga yang dahulunya SMP Negeri 13 Madiun dipandang sebelah mata oleh masyarakat, namun sekarang sudah dipercaya oleh masyarakat, sebagai sekolah yang baru, yang dapat menyisihkan SMP Negeri lain yang ada di kota Madiun.
Pada tahun 2023 SMP Negeri 13 Madiun berhasil menjadi kandidat sekolah rujukan google (KSRG). Pembelajaran di SMP Negeri 13 Madiun berbasis digital dengan memanfaatkan fitur-fitur yang ada di google workspace for education. Sebanyak 35 Bapak Ibu guru telah mendapatkan google certified educator level 1 dan 13 Bapak Ibu guru yang telah mendapatkan google certified educator level 2.
Apabila kita lihat keberhasilan setiap tahunnya baik bidang akademis maupun non akademis SMP Negeri 13 Madiun sangat memuaskan. Selain hasil akademis yang sangat memuaskan tidak kalah pentingnya lagi SMP Negeri 13 Madiun telah melaksanakan kurikulum yang berbasis lingkungan yaitu terbukti telah diterimanya Penghargaan sebagai Sekolah Adiwiyata Mandiri pada tahun 2016 dan mendapatkan SK perpanjangan sebagai sekolah Adiwiyata Mandiri pada tanggal 30 April 2024 dari Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan.
Demikian juga kegiatan non akademis berbagai kegiatan ekstrakurikuler diantara : Pramuka, PMR,UKS, Seni Batik, Drumband, Bulutangkis, Seni Tari, Bola Voli, Taekwondo, Catur, Paduan Suara dan Seni Musik, yang semua kegiatan tersebut pernah mendapatkan kejuaraan baik di tingkat kota maupun tingkat provinsi. Kejuaraan yang pernah diperoleh diantaranya : Di bidang Seni yaitu: a)Lomba Band Juara 3, b)Vokal lagu daerah nusantara juara 1 dan juara harapan 3, c)Vokalis terbaik, d) Menyanyi keroncong juara harapan 2. Di bidang Olah Raga : a)Taekwondo meraih medali Emas, Perak dan Perunggu, b) Renang Juara 2, c) Silat Juara 3, d)Tolak Peluru Juara 3, e)Bulu Tangkis Juara 2. Dibidang teknologi : a)Teknologi Tepat Guna Juara 2. Di Bidang Multimedia : Pembuatan Film Dokumenter Kota Madiun juara 2. Tidak kalah pentingnya lagi yaitu kegiatan yang diikuti oleh Bapak dan Ibu Guru telah membawa nama harum SMP Negeri 13 Madiun di lingkungan Pemerintah Kota Madiun, yaitu mendapatkan kejuaraan yaitu : a)Kepala Sekolah Berprestasi Tingkat SMP se kota Madiun juara 1, b)Olimpiade Guru Matematika SMP se kota Madiun an. Bu Nartini,S.Pd juara 1, c) Olimpiade Guru Bhs.Inggris SMP se kota Madiun an. Bu Siti Kotijah,S.Pd juara 3.
Semua keberhasilan di atas tentunya didukung oleh sarana dan prasarana yang cukup dan didukung pula oleh seluruh warga sekolah antara lain: Guru, Siswa, Tenaga Kependidikan, Komite, Kepala Sekolah yang telah komitmen untuk memajukan SMP Negeri 13 Madiun, demi anak-anak bangsa.41